根據《企業所得稅優惠政策事項辦理辦法》，企業享受研發費用加計扣除優惠時，無需事前報送資料，但若后續稅務機關核查，需在規定時限內提供留存備查資料(含研發項目、費用、人員等佐證材料)。資料留存是享受優惠的“后置法定義務”，而非可選流程，不全或缺失將直接觸發合規風險。

　　一、不得享受加計扣除，需補繳稅款及滯納金

　　稅務機關核查時，若企業無法提供完整資料(如缺研發項目立項文件、費用明細賬佐證)，將判定“優惠享受不符合條件”，需全額沖減已享受的加計扣除額，補繳相應企業所得稅。同時，從稅款滯納之日起，按日加收滯納稅款萬分之五的滯納金(年化18.25%)，且無申請減免滯納金的法定情形，直接增加企業資金壓力。

　　二、觸發稅務稽查升級，面臨額外核查

　　資料不全易被稅務機關列為“重點核查對象”，除研發費用外，還可能延伸核查企業“研發項目真實性”“費用歸集合規性”等，若發現存在“虛增研發費用、編造虛假資料”等情形，將按《稅收征管法》認定為“偷稅”，處補繳稅款50%以上5倍以下罰款;情節嚴重的，還會被移送稅務稽查部門開展專項檢查，拉長監管周期。

　　三、影響納稅信用評價，受限稅收便利

　　企業納稅信用等級評定中，“未按規定留存備查稅收優惠資料”屬于“扣分項”(直接扣3分，信用等級滿分為100分)，可能導致信用等級從“A級/B級”降為“C級/D級”。降級后，企業將無法享受“增值稅留抵退稅快速辦理”“發票按需領用”等便利，甚至影響銀行融資(部分金融機構將納稅信用作為授信參考)，間接增加經營成本。

　　四、長期權益受損，影響其他政策享受

　　研發費用留存備查資料與高新技術企業認定、科技型中小企業評價等政策高度關聯。若資料不全導致“研發費用歸集無法追溯”，后續申請高企認定時，將因“研發投入證明不足”被駁回;同時，科技型中小企業“研發費用占比達標”的判定也需依賴留存資料，資料缺失將直接喪失相關資質，進而無法享受針對性稅收優惠與財政補貼。

　　五、實操應對建議

　　1.清單化管理資料：按“研發項目-費用類別-佐證材料”建立臺賬，明確需留存的資料(如立項文件、合同、發票、人員社保記錄等)，確保每筆研發費用均有對應憑證;

　　2.定期自查校驗：每季度末核查資料完整性，重點檢查“研發項目結題報告與費用歸集的匹配性”“委托研發合同的備案情況”，及時補充缺失材料;

　　3.延長留存時限：按政策要求留存至少10年(從企業所得稅年度納稅申報期結束之日起算)，避免因“提前銷毀資料”導致后續核查無依據。
 

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